Thời thuộc Minh, huyện bị chia đôi: phía nam Nham Biền, vẫn giữ tên Cổ Dũng, lỵ sở như cũ (nay là xóm Huyện, xã Tiến Dũng) còn phía bắc Nham Biền gọi là huyện Yên Ninh, lỵ sở đặt tại Nội Hoàng (nay là xóm Huyện, thôn Chiền). Năm 1419, huyện Yên Ninh bị gộp vào Phượng Sơn, Long Nhỡn để thành huyện mới Phượng Nhỡn.
Thời Lê, phần đất thuộc Yên Ninh cũ sáp nhập trở lại với huyện Cổ Dũng thành huyện Yên Dũng, có 88 xã trại, lỵ sở đặt tại Như Thiết, sau đó chuyển tới Sen Hồ. Huyện Yên Dũng từ thời Lê đến thời nhà Nguyễn thuộc phủ Lạng Giang, trấn Kinh Bắc, giáp giới với các huyện Yên Thế, Yên Việt, Bảo Lộc, Phượng Nhỡn, Quế Dương.
Cuối thế kỷ 19, Yên Dũng có 11 tổng: Ngọc Cục, Tự Lạn, Thiết Sơn, Dĩnh Sơn, Mật Ninh, Hoàng Mai, Mỹ Cầu, Phúc Tằng, Tư Mai, Cổ Dũng với 80 xã phường.
Dưới thời Pháp thuộc, sau khi lập tỉnh Bắc Giang (10-1895) Yên Dũng có các thay đổi về địa giới hành chính.
Tổng hợp: SGT Group.