Vua thương, vẫn bị giáng chức
Bộ Lại xét nghị, làm tập tâu lên, Nội các thẩm duyệt tâu trình nhà vua cách chức. Vua Tự Đức phán rằng: “Nếu chỉ theo thường lệ… đáng lẽ đều phải cách chức, nhưng lòng trẫm thể tất bề tôi, tạm theo phép rộng. Sĩ Thục giáng làm Hồng Lô tự khanh biện lý bộ Lại…
Sứ bộ lĩnh chỉ xin vào lạy tạ. Vua Tự Đức mới hỏi rằng: Nước Thanh xử trí với nước Tây thế nào? Chính sự vua Đồng Trị được hay không thế nào? Thế nước có thịnh hay không?
Chánh sứ Phan Sĩ Thục trình bày lại những điều thấy được về vua Đồng Trị. Đến đây chuyến đi sứ sang Trung Quốc kết thúc.
Sứ thần bị giáng chức vào năm Quý Dậu (1873). Năm sau, vào ngày 6/6/1874, triều đình nhà Nguyễn buộc phải đem nung chảy ấn bạc của nhà Thanh thụ phong, trước sự chứng kiến của viên Công sứ người Pháp”.
Về phần cụ Phan Sĩ Thục thì còn làm việc tiếp nhiều năm nữa. Năm 1873, cụ được giữ chức phó Toản tu là phó ban tu chỉnh pháp luật.
Năm 1874, vua Tự Đức lại dụ rằng: “Phan Sĩ Thục xuất thân khoa giáp làm quan đã lâu mà số hạ tài đoản, hoặc không gặp may, trẫm có lòng thương xót, xét là người thành phúc, cho thăng chức Tả thị lang bộ Hình”.
Năm Bính Tý (1876) cụ được thăng chức Tuần vũ tỉnh Trị Bình, kiêm phó Đô Ngự sử viện Đô sát, tòng nhị phẩm đốc thúc quân lương và phân phối lương thưởng.
Năm Nhâm Ngọ (1882) Quảng Trị bị bão lụt, quan đầu tỉnh trình chậm trễ, Đại thần Nguyễn Văn Trường hạch cứ tâu vua, giáng xuống làm ngũ phẩm viên ngoại lang.
Năm 1883, cụ Phan Sĩ Thục về quê mở trường dạy học kiếm sống. Về quê chưa được bao lâu, năm Thành Thái thứ 2 (1890) triều đình lại khôi phục cho cụ hàm Quang lộc Tự khanh cử làm Đốc học tỉnh Nghệ An. Lúc bấy giờ tuổi cao sức yếu, Phan Sĩ Thục làm tờ biểu xin nghỉ trí sĩ, nhưng các quan đầu tỉnh vẫn cố giữ cụ ở lại.
Được thân sĩ quý trọng
Ngày 12 tháng 11 năm Tân Mão (1891) niên hiệu Thành Thái thứ 3, cụ qua đời ở nhiệm sở, hưởng thọ 70 tuổi. Tổng đốc Nghệ An Đào Tấn là nhà học giả tài hoa làm biểu tâu lên triều đình:
Phan Sĩ Thục xuất thân khoa giáp, làm việc lâu năm, đã được triều đình đặc cử làm chánh sứ đi sứ nhà Thanh, đã thăng qua các chức Tham tri, Tuần vũ, giữ chức siêng năng, người có kiến thức độ lượng, bình sinh thanh liêm, cẩn trọng, an tâm sống nghèo đói trong sạch, thân sĩ trong hạt đều khen là bậc mô phạm lão thành.
Ngày mất đồ khâm liệm không đủ, không có nhà để rước linh cữu về, tình cảnh chí thiết rất đáng thương xót. Xin triều đình gia ân truy thụ để tỏ lòng thương nhớ kẻ nho thần, khuyến khích người sĩ tiết”.
Sau ngày mất, Tam nguyên Yên Đổ Nguyễn Khuyến đã soạn bài văn tưởng niệm vào bia đá, được tổng Võ Liệt bày dựng ở quê nhà. Đền thờ, các di vật và văn bia được con cháu lưu giữ cho tới ngày nay.
Chí Đức