Tên gọi sông Ông Đốc xuất phát từ truyền thuyết, trong thời gian bị quân Tây Sơn truy đuổi, Nguyễn Ánh cùng đoàn tùy tùng chạy về phương Nam, đã đến nhiều nơi trên đất Cà Mau. Một hôm chạy trốn vào xóm Cái Tàu (nay thuộc xã Khánh An), rồi dự định theo con sông này để ra hòn Thổ Chu (nằm ngoài Vịnh Thái Lan) sang nước Xiêm La xin cầu viện. Không ngờ, đoàn thuyền vừa đi khỏi vàm Rạch Cui một quãng thì quân Tây Sơn đuổi tới. Trong lúc ngàn cân treo sợi tóc, Đô Đốc Thủy binh Nguyễn Văn Vàng ở trong đoàn tùy tùng bèn tâu với vua xin cởi hoàng bào cho ông mặc để ở lại cản trở và đánh lạc hướng quân giặc. Nhờ vậy, Nguyễn Ánh thoát lên bờ và trốn lên rừng Khánh Bình. Còn Đô Đốc Vàng thì bị quân Tây Sơn giết chết, thây chìm xuống sông sâu. Quân Tây Sơn tưởng rằng đã giết được Nguyễn Ánh nên không truy đuổi nữa. Nguyễn Ánh nhờ vậy mới thoát thân, liền thay đổi lộ trình, quay trở lại rạch Ông Tự (thuộc xã Phong Lạc), rồi hành quân qua ngọn rạch Cái Rắn và đóng quân tại nơi đây để củng cố lực lượng tìm đường thoát thân.
Ngày nay ở vùng Cái Rắn còn lưu lại di tích một nền trại lính và một cái ao lịch sử, dân địa phương gọi là Ao Vua. Cảm phục trước sự hy sinh cứu chúa của Đô Đốc Vàng, người dân ở đây gọi con sông này là sông Đốc Vàng để tưởng nhớ vị Đô Đốc Thủy binh đã tận trung. Dần dần, cái tên gọi sông Ông Đốc trở nên quen thuộc với người Cà Mau, có khi dân gian gọi tắt thành Sông Đốc.